Božidar Širola je kao kustos i voditelj Odsjeka za pučku muziku u Etnografskom muzeju počeo raditi 1921. godine. U početku je radio kao volonter, zatim kao stručni suradnik, potom kao honorarni voditelj (Goglia, 1939: 25) i naposljetku kao redovni muzikolog i zaposlenik Odsjeka da bi kasnije u dva navrata (1934.-1935. i 1941-1945.) bio imenovan i ravnateljem Muzeja. U međuvremenu je (1935.) bio postavljen za direktora Državne muzičke akademije u Zagrebu (vidi u: rukopisna građa Mirjane Randić za rad "Fonograf u muzikološkim istraživanjima Etnografskog muzeja u Zagrebu", koji je objavljen u skraćenoj verziji (Randić Barlek, 1997). Bio je prvi hrvatski etnomuzikolog koji je 1921. godine postigao doktorski stupanj na temelju doktorske disertacije "Istarska pučka popijevka“ (Das istrische Volkslied) na Institutu za muzičke nauke bečkog sveučilišta (Goglia, 1939: 4).
Kao voditelj Odsjeka za pučku muziku, Božidar Širola istraživao je i analizirao prikupljenu građu stavljajući naglasak na praktične i konkretne dijelove glazbenog stvaralaštva kao što je izrada instrumenata, njihova rekonstrukcija i zapisivanje melodija. Interpretirao ih je u okvirima tada dominantne kulturno-historijske paradigme prikazavši teorijski okvir i smjernice istraživanja u dijelu elaborata "Metode melografike" (Širola i Gavazzi, 1931b). Uz kolegu Milovana Gavazzia obavljao je fonogramska snimanja u Muzeju i na terenu, transkribirao snimljenu građu i notno zapisivao napjeve obrednih pjesama te uredio fonografski arhiv u kojem su sabrane snimke pučkih popijevki i svirke (Goglia, 1939: 25).
Božidar Širola na terenu, razgovor s Tomom Severovićem (Križevci), snimio: Vladimir Tkalčić, 21.02.1932. / N-2148, Foto-dokumentacija Etnografskog muzeja
Prve su snimke s pjevačima iz naroda snimljene u Etnografskom muzeju i u Markuševcu u Zagrebu tijekom veljače 1923. godine, a napravio ih je Milovan Gavazzi (Širola i Gavazzi, 1931c: 30). Na sustavno fonografsko terensko snimanje određenog područja krenuli su 1924. godine Gavazzi i Žganec snimajući po selima Međimurja: Kotoribi, Donjoj Dubravi, Podturenu, Dekanovcu i Vratišincu. Godinu dana kasnije Širola i Gavazzi uputili su se u Pokuplje. Snimanja su nastavljena 1926. godine u zagrebačkoj okolici: Turopolju, Samoboru i Borčecu, nakon čega se Širola uputio u krčku i senjsku biskupiju zbog proučavanja staroslavenskog korala. Širola i Gavazzi 1927. snimaju na otoku Korčuli i u Krapinskim Toplicama, 1928. na otoku Rabu i u Novom Vinodolskom, i 1929. u Virovskoj Drenovici, Koprivničkom Ivancu i Velikom Bukovcu te na otoku Pagu. U prvih deset godina rada, tj. do kraja 1929. godine, zbirka fonograma u Odsjeku za pučku muziku popela se na 120, time da je svaki fonogram sadržavao nekoliko pjesama (obično tri ili četiri) (Širola i Gavazzi, 1931c; Randić Barlek, 1997: 67).
Terenska snimanja nastavila su se sve do 1931. godine u raznim područjima Hrvatske, kao i u samom Muzeju (Širola i Gavazzi, 1931c; vidi u: rukopisna građa Mirjane Randić za rad "Fonograf u muzikološkim istraživanjima Etnografskog muzeja u Zagrebu", koji je objavljen u skraćenoj verziji (Randić Barlek, 1997)). Tijekom terenskih istraživanja Širola je skupljao predmete za Etnografski muzej te je Zbirku glazbala dopunio s preko 400 primjeraka.
Gajdaš Ilija Sočković stoji i svira za fonogram pred svojom kućom. Na sebi ima uske hlače, reklu, obojke i opanke te na glavi šešir (Perkovci, Vrpolje); snimio: Božidar Širola, svibanj 1933. / N-2169, Foto-dokumentacija Etnografskog muzeja
Još jedan od važnijih Širolinih doprinosa hrvatskoj etnomuzikologiji njegova su etnoorganološka istraživanja, odnosno studije o tradicijskim glazbalima.
Studija "Sviraljke s udarnim jezičkom" (1937) sadrži sve aspekte istraživanja onodobne etnomuzikologije, ali i one koja se razvila kasnije jer Širola nije bio samo usredotočen na instrument i glazbu koja se na instrumentu izvodila, već je poklonio pažnju i sviračima i prigodama u kojima sviraju. Na osnovi glazbenih instrumenata koje je prikupio za Zbirku Etnografskog muzeja napisao je velik broj članaka i knjiga o samoj izradi instrumenata pri čemu je sačuvan vrijedan podatak o dijelu nematerijalne baštine – tradicijskom znanju i umijeću gradnje glazbenih instrumenata. Na temelju njegovih bilješki moguće je glazbala rekonstruirati te ih koristiti u edukativne svrhe, primjerice, za glazbene radionice na kojima bi polaznici mogli učiti kako svirati i kako izraditi neki instrument.
U predgovoru rukopisa "Frula – jedinka", Božidar Širola piše: "Ovo je škola za frulu – jedinku izdana u nadi da će osim kupljenih frula što se dobivaju iz njemačkih tvornica (pod nazivom Blockflote) uskoro biti moguće i naše graditelje takvih sviraljka (nap. žveglice u Bistričkom Lazu) uputiti u izradbu dotjerujući samo njihovu tehniku rada, pa će oni onda dati našim omladinskim društvima a i drugim ljubiteljima narodne glazbe dobre i vriedne instrumente koji će biti na radost njihovu a na korist razvitka hrvatske narodne glazbe" (Širola rukopis, n.p.).
Širola je bio i profesor matematike i fizike što je rezultiralo njegovim pedantnim i egzaktnim crtežima glazbala. Ti su nam crteži danas od neizmjerne važnosti budući da se u vrijeme dok je Širola inventirao i prikupljao glazbala za Muzej, fotografski aparat nije često koristio.
Dudaš Filip Vlahović, s gajdama / Hrgovljani, snimio Vladimir Tkalčić, 1932. / N-2430, Foto-dokumentacija Etnografskog muzejaNajintenzivnije razdoblje njegova stvaralaštva trajalo je od dvadesetih do sredine četrdesetih godina 20. stoljeća. Iz tog razdoblja raspolažemo s najvećim brojem njegovih kompozicija, stručnih i znanstvenih članaka i knjiga s područja etnomuzikologije i etnologije.
Njegov je rad vrednovan i u tekstu muzikologinje Grozdane Marošević u kojem autorica pronalazi temelje Širolinog istraživačkog pristupa među tadašnjim aktualnim smjernicama komparativne muzikologije prezentirane u europskoj etnomuzikološkoj literaturi, koju je Širola konzultirao, kao uostalom i velik broj drugih izvora, pruživši na taj način potporu ideji razvitka veza između komparativne muzikologije, antropologije i etnologije (Marošević, 1998).
Kao skladatelj bio je vrlo plodan pa se, uz brojna objavljena djela, u njegovoj rukopisnoj ostavštini, pohranjenoj u Hrvatskome državnom arhivu i Nacionalnoj sveučilišnoj biblioteci u Zagrebu, nalazi i znatan broj neobjavljenih skladbi: opere, operete, orkestralna djela, kompozicije za glasovir, oratorij i kompozicije za djecu.
Širola je bio član raznih kulturnih društava, surađivao je s glazbenim akademijama i konzervatorijima u Hrvatskoj i inozemstvu, te držao razna predavanja u svrhu popularizacije hrvatske glazbe. Znatno je pridonio popularizaciji folklorne glazbe i etnomuzikologije publicističkom djelatnošću i predavanjima na Radio-stanici Zagreb 1937. i 1938. godine (Bezić, 1985: 5). Zdenka Weber, muzikologinja, glazbena kritičarka i pedagoginja, u članku "Odjeci Širolina povjesničarskog i glazbeno-publicističkog djelovanja u tisku njegova vremena" navodi kako je održavao brojna predavanja i u Hrvatskoj i u inozemstvu te da je na Radio-stanici u Pragu držao predavanja vezana uz teme hrvatske, slovenske i srpske glazbe. Pisao je članke za brojne novine svoga vremena: Novosti, Jutarnji list, Hrvatska straža, Zagreber Tagblatt, Agramer Tagblatt, Zagrebački list, Savremenik, Naša muzika, Jugoslavenska njiva, Krijes i dr. (Weber, 1985: 83).
Svoj prilog dao je i smotrama hrvatske seljačke kulture u radu "Smotre hrvatske seljačke kulture s osobitim obzirom na njihovo značenje za napredak hrvatske muzikologije" (1940.), a bio je zamijećen i kao urednik velikih rukopisnih zbirki folklorne glazbe koju su prikupili drugi istraživači, primjerice, Franjo Ksaver Kuhač i Vladimir (Vladoje) Bersa.
Godine 1945. gube se podaci o njegovu životu i daljnjem etnomuzikološkom djelovanju. Njegovo radno mjesto kustosa Odsjeka pučke muzike tada preuzima muzikolog Vinko Žganec.
